Jean-Pierre Thibaut obtient son doctorat en mars 1991. Nommé premier assistant, puis chef de travaux (1996), il passe son habilitation à diriger des recherches en France en 1999. Recruté comme professeur de psychologie du développement en 2003, à l ’Université de Poitiers, il mute à l’université de Bourgogne en 2008. Dans ces universités, il enseigne la psychologie du développement, le développement du langage, le développement conceptuel.
Ses travaux récents portent sur le développement conceptuel, la généralisation qu’il étudie dans le cadre du développement du lexique et de la compréhension des analogies. Il travaille également sur le développement des connaissances naïves portant sur la physique (notions de force et d’énergie) ou sur l’alimentation, mais aussi leur influence sur la résolution de problèmes arithmétiques, travaux publiés dans certaines des meilleures revues internationales. Il a organisé plusieurs conférences internationales et obtenus de nombreux contrats de recherche et a été responsable d’un réseau de recherche international auprès du CNRS.